穩定同位素內標記化合物與對應的未標記化合結構相似，所以理化性質也極為相似，如果將穩定同位素標記物與對應的未標物用同樣的色譜方法檢測，其保留時間也幾乎一致，無法分辨。且穩定同位素不具有放射性，無論在標記化合物合成、分離提純及應用過程中均無特殊防護要求，可作為內標用于臨床醫學研究及生物醫學、環境科學、食品檢測等諸多領域。

　　如何挑選穩定同位素內標？

　　1、應盡量選擇同位素豐度>98%以上的標準品。

　　2、如果選擇氘代產品作為內標，需選擇質量差大于3(D3)以上的產品。

　　3、13C,15N通常標記在分子的骨架結構上，其標記位點較為穩定,氘代產品容易與液相流動相溶劑中的活潑氫發生交換，因此穩定性不如13C,15N。如圖3，草甘膦如果用D標記的話，羧基、亞氨基、羥基上面的D都屬于活潑位點，很容易脫離母體化合物，所以安譜實驗選擇13C,15N來進行標記。另外考慮到氘標記物的合成較為簡便，價格便宜，因此在氘標記物能夠滿足實驗需求的情況下，也常選用氘標記物作為內標物。

　　4、標記位點還應遠離容易發生化學鍵斷裂的位置，以避開同位素效應的影響。在質譜中鄰苯二甲酸二甲酯的酯基容易斷裂，所以安譜實驗選擇氘標記在苯環上。如果母體化合物因化學鍵斷裂同時生成2個重要子單元結構化合物，可選擇雙標記母體化合物。

　　穩定同位素內標是質譜方法，沒有別的臨床檢測方法用到同位素內標。比如光吸收和免疫的方法，都無法分辨出被檢測物和同位素內標的區別，因為它們的理化性質太接近了。如果真的加進內標，那測出來的值肯定大大的偏高。只有質譜才能把同位素內標和要檢測的物質分得開，雖然它們的差別只有幾個道爾頓。現在的內標基本都是穩定同位素標記的，最常見的是D和13C。同位素內標和被檢測物是同一個物質，但是其中的幾個氫原子被氘所取代，或者是12C換成了13C，理化性質基本不變。